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在上海自贸区注册公司的步骤如下。
1、核名：需要1~3个工作日，主要确定公司的类型、名字、注册资本、股东及出资比例，并到工商局现场或线上提交核名申请。
2、提交资料：需要的时间视审核速度而定，主要包括公司名称、股东信息、监事信息、注册资本、股权比例分配、经营范围等工商注册信息以及股东会决议等文件。
3、领取营业执照：提交完注册资料后，接下来就是等待工商部门审核，审核通过后就会通知领取营业执照，一般需要的时间大概是三到五个工作日。
4、刻章备案：拿到营业执照后，需要携带营业执照原件及企业法人身份证原件到工商局指定的刻章地点进行刻章备案，一般需要一到两个工作日，刻制公章包括企业公章、财务章和发票章等，至此，公司注册完毕，后续还需要进行银行开户和税务登记等步骤。
步骤仅供参考，具体的流程和所需材料可能因上海自贸区政策和规定的变化而有所不同，建议在注册前详细咨询上海自贸区相关部门或专业服务机构，以确保准确了解最新的政策和要求。